調剤薬局のM&A

調剤薬局のM&A市場と、売れる薬局の条件

薬局の数、オーナー薬剤師の年齢、規模と収益、2026年度の報酬改定、事業譲渡の手続きを公的資料で整理しました。

確認 2026-10-04

3分でわかる要点

業界の今

薬局の数は前年度より少し増えた

2024年度末の薬局数は63,203施設です。前年度より375施設（0.6%）増えました（厚生労働省「令和6年度衛生行政報告例の概況」）。

人口10万人あたりでは51.1施設です。都道府県別では、佐賀県が65.1施設で最も多くなっています。

薬剤師の6割が薬局で働く

2024年末に届け出た薬剤師は329,045人です。うち薬局で働く人は197,437人で、全体の60.0%でした（厚生労働省「令和6年医師・歯科医師・薬剤師統計の概況」）。

前回の調査より6,702人（3.5%）増えています。

オーナー薬剤師の年齢

管理薬剤師を兼ねる開設者は、半分が60歳以上

薬局の開設者や法人の代表者で、管理薬剤師を兼ねる人は12,591人です。平均年齢は59.6歳でした。薬局で働く人全体の平均は46.8歳です。

60歳以上は6,375人で、50.6%を占めます【試算：3,551＋2,824】。49歳以下の行は、29歳以下・30代・40代の合計です【試算：45＋846＋2,154】。

2年で7.3%減った

管理薬剤師を兼ねる開設者は、2022年の13,587人から996人（7.3%）減りました。管理薬剤師を兼ねない開設者は、同じ期間に88人増えています。

• 減った理由（閉局・譲渡・法人化・引退など）は、この統計からは分からない
• 調剤薬局だけの後継者不在率は、公的な一次情報では見つからなかった

規模によって収益が違う

1店舗・2〜5店舗の法人は利益率が低め

中央社会保険医療協議会の医療経済実態調査は、同じグループの店舗数ごとに損益を集計しています（第25回医療経済実態調査）。

1店舗・2〜5店舗の法人は、6〜49店舗の法人より損益差額率が低くなっています。ただし、大きいほど高いという単純な関係ではありません。200〜299店舗は-1.2%でした。

• 調査の対象は、1か月の処方箋の取扱いが300件以上の保険薬局
• 同一敷地内の薬局は含まない

2026年度の調剤報酬改定

改定率は+0.08%

2026年度の診療報酬改定で、調剤の改定率は+0.08%でした（2年度平均の「その他」分）。医科は+0.28%、歯科は+0.31%です（厚生労働省「令和8年度診療報酬改定の概要【調剤】」）。

調剤基本料1は45点から47点に上がりました。後発医薬品調剤体制加算は撤廃されています。

• 地域支援体制加算は「地域支援・医薬品供給対応体制加算」に改称。加算2は32点から59点、加算3は40点から67点
• 在宅薬学総合体制加算1は15点から30点

門前薬局への見方が厳しくなった

厚生労働省は改定の背景に、門前薬局の割合がむしろ増えたことを挙げています。処方箋の85%以上を特定の医療機関から受ける薬局は、2015年の32.5%から2024年の39.3%に増えました。

そのうえで「門前薬局等立地依存減算」（15点）が新設されました。対象は2026年6月1日以降に新規開設する薬局です。

• 都市部で近くに他の薬局があり、特定の医療機関の処方箋が85%を超える場合などが対象
• 医療機関と同じ敷地・建物内（医療モール）で85%を超える場合も対象
• 医療モールの複数の医療機関は、1つの医療機関とみなして計算する

薬局ならではの手続き

事業譲渡では、保険薬局の指定を取り直す

開設者が変わると、新しい薬局として保険薬局の指定を受けます。通常、指定日は申請の翌月1日です（関東信越厚生局）。

旧薬局の廃止日の当日か翌日にさかのぼる指定を「遡及指定」といいます。地方社会保険医療協議会で認められれば、例外として受けられます。2026年9月1日以降は、新しい通知に沿って処理されています。

遡及指定が基本的に認められる要件（抜粋）

同じ都道府県内で2km以内の移転や、所在地を変えない開設者だけの変更では、次のような要件があります。

• 1つの薬局を廃止し、1つの薬局を開設すること
• 調剤録などを引き継ぎ、旧薬局の患者への調剤を続けること
• 新しい薬局の管理薬剤師が、旧薬局と同じ人であること
• 旧薬局の薬剤師（常勤・非常勤）の概ね8割以上を、引き続き雇うこと
• 常勤の薬剤師の概ね5割以上を、常勤のまま引き続き雇うこと

出典は厚生労働省の事務連絡（2026年6月5日）です（関係団体経由の写し）。

売却価格の考え方

公的な評価方法

中小企業庁の「中小M&Aガイドライン（第3版）」は、よく使われる方法として次の3つを挙げています（中小企業庁）。

• 簿価純資産法
• 時価純資産法
• 類似会社比較法（マルチプル法）

純資産に「数年分の利益」を足す方法もあります。年数は通常1〜3年で、交渉で決まることが多いとされています。

調剤薬局だけの評価方法（処方箋の枚数で値段を決めるなど）を書いた公的資料は、見つかりませんでした。

中小M&Aの実際の倍率

中小企業庁の集計では、2024年度の株式譲渡の倍率は次のとおりです（M&A支援機関登録制度）。

「その他の小売業」は、調剤薬局のほかにドラッグストアや書籍・燃料の小売も含みます。調剤薬局だけの倍率は公表されていません。

誰が買うのか

大手チェーンは買収を続けると公表

上場する薬局チェーンの決算資料には、M&Aの方針が書かれています。

• アインホールディングス：2026年4月期に、M&A20社の株式取得で458億7千万円を支出。今後も「M&Aの積極活用」で規模を拡大するとしている（決算短信）
• クオールホールディングス：「東名阪エリアをメインにM&A・新規出店による規模拡大を推進」。2026年3月期のM&Aによる出店は9店舗（決算説明会資料）

クオールの中期経営計画は、「小型M&A等で店舗数拡大（1000店舗超）」を掲げています。

自社が直接買う窓口もある

日本調剤・アイセイ薬局・総合メディカルは、自社が薬局を買う立場です。窓口の会社自身が買い手なので、ほかの買い手と比べたいときは別の相談先も必要です。各社の窓口は調剤薬局の相談先の比較に載せています。

調剤薬局のM&A件数を数えた公的な統計は、見つかりませんでした。

売れる薬局の条件

公的資料の事実から、売却の前に整理しておきたい点をまとめます。

見つからなかったもの

• 調剤薬局だけの後継者不在率
• 調剤薬局M&Aの件数・平均譲渡価格の公的統計
• 処方箋の枚数や技術料を基準にした価格算定の公的資料
• 既存薬局の承継が「新規開設」の減算に当たるかの公式な解釈

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