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会社を売ったら税金はいくらかかる？株式譲渡と事業譲渡の違い

株式譲渡は社長個人に約20%、事業譲渡はまず会社に法人税と消費税がかかります。役員退職金を組み合わせる考え方も国税庁の資料で整理。

確認 2026-10-04

はじめに：売り方で「誰に」税金がかかるかが変わる

会社を売る方法は、主に「株式譲渡」と「事業譲渡」の2つです。どちらを選ぶかで、税金がかかる相手と計算のしかたが変わります。

この記事は、国税庁などの公式の資料をもとにした一般的な説明です。あなたの会社の税額は、必ず税理士に確かめてください。

20.315%と、事業譲渡の後の課税の流れは、中小企業庁の資料にもあります（中小M&Aガイドライン第3版）。

株式譲渡の税金

もうけ（譲渡所得）の計算

株を売ったときは、売った値段から、かかったお金を引いた残りに税金がかかります。国税庁は次の式で説明しています（No.1463 株式等を譲渡したときの課税）。

• 売った値段 −（株を手に入れたときの値段 ＋ 売るためにかかった手数料など）＝ もうけ

この「もうけ」を、税金の世界では譲渡所得と呼びます。給料などのほかの所得とは分けて、税金を計算します（申告分離課税）。

税率は20.315%

上場していない会社の株も、税率は同じです。内訳は次のとおりです。

復興特別所得税は、2047年分（令和29年分）まで所得税と一緒に納めます。国税庁は、令和8年度の改正で2027年から防衛特別所得税ができると説明しています。退職所得のページでは、合計の税率は変わらないとしています（No.1420）。

計算の例【試算】

前提は、会社を作ったときに1,000万円で株を手に入れた社長です。株を1億円で売り、手数料などに1,000万円かかったとします。

実際には、何を手数料などとして引けるかで額が変わります。この例は計算の流れを見るためのもので、税理士の確認が必要です。

見落としやすい点

中小M&Aガイドラインは、株を売った社長の個人の負担について注意を書いています。会社の社会保険に入っていない場合は、国民健康保険料などにも影響があります。

売った年の翌年には、確定申告が必要です。代金を全部使ってしまわず、税金の分を取っておいてください。

事業譲渡の税金

まず会社に法人税などがかかる

事業譲渡では、代金は会社に入ります。売ってもうけが出れば、会社の所得として法人税などがかかります（中小M&Aガイドライン第3版）。

法人税の税率は、国税庁によると次のとおりです（No.5759 法人税の税率）。このほかに、法人住民税や事業税もかかります。

2025年4月以後に始まる事業年度で、所得が年10億円を超える年は、800万円以下の部分も17%です。ほかにも例外があるため、国税庁のページで確かめてください。

消費税がかかるものと、かからないもの

事業譲渡では、売る資産ごとに消費税の扱いが分かれます。中小M&Aガイドラインは、減価償却資産などは消費税の課税売上になると書いています。

消費税の対象には、形のない権利も含まれます（No.6105 課税の対象）。土地や有価証券、金銭債権の譲渡は非課税です（No.6201 非課税となる取引）。

社長の手元に移すときにも税金がかかる

事業譲渡の代金は会社のお金です。社長個人が使うには、会社から社長へ移す必要があります。

ガイドラインによると、配当や役員報酬で移すと総合課税になります。税率は15.105%〜55.945%です。株式譲渡の20.315%より高くなることもあります。

買い手にとっての違い

ガイドラインは、事業譲渡には買い手にとっての利点もあると書いています。主なものは次のとおりです。

• 引き継ぐ資産や負債を選べるので、帳簿にない借金などのリスクを避けやすい
• のれん（資産調整勘定）が生じれば、税金の計算で費用にできる

一方で、不動産を移すときは、買い手に不動産取得税や登録免許税がかかります。許認可は、事業譲渡では取り直しが必要になることが多いとされます。扱いは許認可の種類で違うので、所管の役所に確かめてください。

役員退職金を組み合わせる考え方

なぜ組み合わせるのか

会社を売るときは、社長が役員を退くことが多くあります。そこで、会社から社長に役員退職金を払う形を、売却と組み合わせることがあります（中小M&Aガイドライン第3版）。

退職金は、ほかの所得と分けて計算され、税金が軽くなる仕組みがあります。ガイドラインも、分離課税の退職金と組み合わせる検討に触れています。

退職金の税金の計算

国税庁の計算式は次のとおりです（No.1420 退職金を受け取ったとき）。

• （退職金 − 退職所得控除額）× 1/2 ＝ 退職所得の金額

国税庁の例では、勤続30年なら控除額は1,500万円です。ただし、役員として5年以下しか勤めていない場合は、1/2にする計算が使えません。

会社の側では費用になる

会社が役員に払う退職金は、適正な額であれば会社の費用（損金）になります（No.5208 役員の退職金の損金算入時期）。原則として、株主総会の決議などで額が決まった年度の費用です。

株式譲渡と組み合わせると、退職金の分だけ会社のお金が減ります。その分、株の値段は下がる方向に働きます。どちらが得かは、会社ごとの計算で変わります。

気をつけること

手数料の計算のもとに退職金を含める会社の例は、M&A仲介の手数料のしくみにまとめています。手数料の目安は手数料の計算で試せます。

税理士に確かめること

税金の個別の相談に乗れるのは、原則として税理士です（税理士法第52条）。当サイトも、あなたの会社の税額にはお答えできません。

税理士に相談するときは、次の点を聞くと話が早く進みます。

• [ ] 株式譲渡と事業譲渡で、手元に残る額はそれぞれいくらか
• [ ] 株を手に入れたときの値段が分かる書類はあるか
• [ ] 役員退職金を払うなら、いくらまでが適正と考えられるか
• [ ] 事業譲渡の場合、消費税はいくらかかるか
• [ ] 売った翌年の確定申告と、保険料への影響

顧問税理士がM&Aに詳しくなければ、事業承継・引継ぎ支援センターで相談先を探す方法もあります。売却全体の流れは後継者がいないときの選択肢で説明しています。

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