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事業承継・M&A補助金のしくみ（2026年・16次公募）

仲介手数料の一部が補助される専門家活用枠を中心に、4つの枠の上限額・補助率、手数料が対象になる条件、日程と準備をまとめました。

確認 2026-10-04

はじめに：仲介手数料の一部が補助される

会社を売るとき、仲介会社やFAに払う手数料の一部を、国が補助する制度があります。「事業承継・M&A補助金」です。

この記事は、2026年10月4日に16次公募の公募要領で確かめた内容です（公式サイト）。公募の回ごとに中身が変わるため、申請の前に最新の公募要領を確かめてください。

16次公募の日程

締切を過ぎた申請は受け付けません。申請は国の電子申請「Jグランツ」で行います（専門家活用枠の公募要領）。

4つの枠をひと目で見る

16次公募には4つの枠があります。売り手が主に使うのは「専門家活用枠」と「廃業・再チャレンジ枠」です。

出典は各枠の公募要領です（小規模売り手支援類型、事業承継促進枠、廃業・再チャレンジ枠）。補助金は、事業が終わって精算した後に払われます。先に自分で払う必要があります。

売り手が使う「専門家活用枠」

上限額と上乗せ

専門家活用枠の売り手支援類型は、次のとおりです。補助額が50万円に届かない申請は受け付けません。

期間内に引き渡しまで進まなかった場合、上限は300万円に下がります。その場合、原則として調査（DD）の費用だけが対象です。

補助率が2/3になる条件

売り手の補助率は、原則1/2です。次のどちらかに当てはまれば、2/3になります。

• 物価高などで、営業利益率が下がっている
• 直近の決算で、営業利益か経常利益が赤字

営業利益率の比べ方は、公募要領に2通りの期間が書かれています。当てはまるかは、顧問税理士と確かめてください。

小規模な会社向けの類型

従業員が少ない会社には「小規模売り手支援類型」があります。補助率は2/3、上限は450万円で、下限額はありません。

引き渡しまで進まなかった場合、上限は50万円に下がります。その場合は着手金、システム利用料、調査（DD）の費用が対象です。600万円の類型と同じ回に両方は申請できません。

仲介手数料が対象になる条件

国に登録した仲介会社・FAだけ

手数料が補助されるのは、国の「M&A支援機関登録制度」に登録した仲介会社・FAに払ったものだけです。登録の確認は、交付決定の時に行われます（M&A支援機関登録制度）。

当サイトの相談先の一覧で、会社ごとの登録の状況を見られます。契約の前に、国のデータベースでも確かめてください。

契約の順番

対象になるのは、交付決定の後に契約し、期間内に支払ったお金だけです。公募要領の例を、売り手向けに言い換えると次のとおりです。

すでに仲介会社と契約している場合は、その手数料は原則として対象外です。期間の前に結んだ最終契約の日付を、覚書で後ろにずらすことも認められません。

中間金と成功報酬

中間金（基本合意の時に払うお金）も、条件を満たせば対象です。相手と基本合意書を結ぶ必要があり、意向表明書では足りません。

成功報酬は、相手と最終契約を結んで払ったものが対象です。どちらも、仲介会社との契約書に「その時点で払う」と書かれている必要があります。

マッチングサイトの費用

マッチングサイトの登録料・利用料・成約手数料も、「システム利用料」として対象になります。サイトの運営会社が国に登録していなくても対象です（登録制度の公募要領（令和8年度））。

ただし、サイトが仲介やFAのサポートも行う場合、その費用は委託費の扱いです。その場合は、運営会社の登録が必要になります。サイトの比べ方はM&Aマッチングサイトの比較と使い方にあります。

補助額の計算の例

補助額は「対象経費 × 補助率」で、上限を超えた分は出ません。売り手支援類型で、補助率が2/3の場合の例です。

手数料がいくらになりそうかは、手数料の計算で会社ごとに試せます。消費税の扱いなど細かい点は、公募要領の別紙で確かめてください。

廃業・再チャレンジ枠

使える人

M&Aで売れなかった会社を廃業し、新しい事業に挑む人のための枠です。単独で申請する場合は、次の条件があります。

• 2020年以降にM&Aに取りかかったが、成約しなかった
• 取りかかった証拠は、支援センターへの相談、支援機関との契約、マッチングサイトへの登録のどれか
• 締切の時点で、取りかかってから3か月以上たっている
• 新しい事業の計画を作り、認定経営革新等支援機関の確認を受けている

自分だけで買い手を探していた場合は、対象外です。売り手として専門家活用枠と一緒に申請し、売った後に残った事業を廃業する使い方もあります。

対象になる費用

在庫を売ってお金を得る場合の処分費は、対象外です。廃業の手続き全体は会社を廃業する手続きと費用にまとめています。

申請の準備

申請の前に、次の準備が要ります。時間がかかるものから先に進めてください。

申請の内容は、事業者本人が理解している必要があります。行政書士でない人が有償で申請書を作ると、法令違反のおそれがあると公募要領は注意しています。

次に読む

• 手数料の目安：手数料の計算
• 自社に合う相談先：診断
• 売る流れ：会社を売るときの流れと期間
• 相談先の比べ方：仲介会社・FAの選び方

出典

• 事業承継・M&A補助金事務局「公募要領（16次公募）」4枠分（2026年10月4日確認）
• 中小企業庁「M&A支援機関登録制度 公募要領（令和8年度）」

相談について

当サイトは、売却の申込みや補助金の申請代行を受け付けていません。どの枠が合いそうか迷ったら、LINEで聞いてください。

事業承継リサーチ 相談窓口が読んで答えます。社名を書く必要はなく、売り込みもしません。

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